Bien que non exigé par le cahier des charges, l'Atelier d'Architecture Aiud a fait le choix de matériaux biosourcés afin de minimiser l'énergie grise et d'agir positivement sur les émissions carbones. Ainsi, le hors-sol du bâtiment du conservatoire a été réalisé entièrement en ossature bois avec du mélèze provenant des forêts belges, remplie avec de la paille locale (récoltée à moins de 30 kilomètres du site). La finition des murs en terre crue côté intérieur n'a pas été prélevée sur le site, mais a permis néanmoins d'augmenter l'inertie hydrique du bâtiment et de réduire l'apport énergétique des machines de climatisation, indispensable dans la salle d'exposition temporaire. De nombreux détails écologiques ont également été apportés dans le musée, afin de donner de la cohérence tant à la conception qu'à l'usage.
« Par ailleurs, précise l'architecte ingénieur Gil Honoré, le site rencontrait des problèmes d'écoulements d'eaux vers des habitations riveraines sur le versant. Nous avons fait en sorte que les aménagements paysagers, réalisés avec Mathilde Sauvillers, puissent intégrer des fossés perdants, et ainsi répondre à des questions environnementales plus larges », permettant à ce projet d'être intégré à son environnement.
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